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六、Fragmentate 菜单功能说明

分子结构表单管理Fragmentate逆合成R- 替换反应数据库

导读:逆合成断键获取碎片、查找并用 R- 替换特定官能团,以及反应数据库(*.RDB)的创建与维护。本文为「分子结构表单管理」九大菜单系列详解之一,返回产品总览可查看九大菜单全景。

五、Fragmentate 菜单功能说明

Fragmentate 菜单相关软件界面截图
图1 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

1、Retrosynthetic(逆合成碎片化)

运行逆合成碎片化。通过断裂一些有机合成常用反应(如酯化反应)可断裂的化学键来获得碎片。在首次弹出的对话框中,你可选择将活动电子表格的哪些字段转移到碎片电子表格(这有助于关联碎片和初始分子)。新创建的数据集会出现在"数据源(Data Source)"面板的"取代基(Substituents)"组中,自动命名为"Retrosynth"。

2、Find and Replace Fragments(查找替换碎片化)

运行"查找并替换"碎片化。它用 R - 符号替换特定官能团。你需要一个包含碎片化规则的反应数据库文件(*.RDB)。在弹出的对话框中,你可选择反应数据库以及要转移到碎片电子表格的字段。

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图2 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

a.从下拉列表中选择反应数据库,或仅在数据库已创建时浏览本地电脑驱动器查找。要创建数据库,点击"反应编辑器(Reaction Editor)"按钮(见下文)。

b.选择活动电子表格中要转移到碎片电子表格的字段。

c.在窗格间逐个或一次性移动所有字段。

d.已选字段。

新创建的含反应的数据集会出现在"数据源(Data Source)"面板的"取代基(Substituents)"组中,自动命名为"ReplacedFragments(已替换碎片)"。

3、Reaction Editor

打开反应编辑器窗口以创建或修改反应集(*.RDB 文件)。

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图3 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

操作说明:

a.标准文件菜单命令用于新建、打开现有或保存当前反应数据库。

b.如需使用先前创建的反应数据库,可从下拉列表中选择。

c.Structure pane(结构面板)

d.获取二维输入结构的标准命令。

e.状态行显示当前可见反应数量及数据库中记录总数。

f.使用 + 或 - 添加/移除反应。

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图4 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

g.输入结构加载后,点击并套索选择需要替换为"R"(取代基)的原子

h.选中原子显示橙色高亮。如需修改选择,可重新套索原子

i.点击Accept确认选择

j.标记的结构片段将被替换为R1

k.点击取消已创建的反应

待续!

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