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七、Utilities 菜单功能说明

分子结构表单管理Utilities除盐互变异构重复结构

导读:显式氢转隐式氢、除盐、二维坐标重排美化结构、互变异构体检测、重复结构检测与合并、LogD 曲线辅助 pH 选择。本文为「分子结构表单管理」九大菜单系列详解之一,返回产品总览可查看九大菜单全景。

七、Utilities菜单功能说明

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图1 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

本功能菜单提供了几个用于处理电子表格中化合物结构的便捷工具:

1、Remove Explicit H

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  • 功能:去除所有显式绘制的氢原子(转换为隐式氢)
  • 示例:
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2、Desalt

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图4 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图
  • 功能:若结构为盐形式,去除较小抗衡离子,并尽可能将剩余离子转为中性分子
  • 示例:
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图5 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

3、Clean Structure

功能:自动重新分配原子二维坐标,使绘制结构更美观

示例:

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图6 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图

4、Check Tautomers

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图7 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图
  • 功能:检测电子表格中所有化合物可能的互变异构体形式。若化合物存在多种形式,将弹出对话框供用户选择项目中保留的形式。
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图8 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图
  • 浏览所有可能的互变异构体
  • 标识当前显示形式的状态:主要(major)、次要(minor)或条件依赖(conditions-dependent)形式
  • 勾选此框可自动为项目中后续所有化合物选择主要(predominant)或规范(canonical)互变异构体形式

5、Manage Duplicates

  • 功能:检查当前项目是否存在重复结构,弹出对话框供用户配置结构匹配算法参数及处理方式。
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图9 · 分子结构表单管理 · 软件界面截图
  • 参数选项列表附带蜂窝图,实时显示中心分子与外部分子在当前设置下的匹配状态("="符号标识匹配成功)
  • 仅筛选模式:不执行删除操作,仅筛选电子表格使重复记录集中显示(匹配结构相邻排列)
  • 合并模式:每组匹配结构中仅保留第一条记录,其余重复记录的数值/文本数据将合并至多条目单元格
  • 勾选此框可创建包含所有合并条目的新列表(右侧文本框输入列表名称)

6、pH Selector

  • 功能:显示LogD曲线,辅助确定混合物分离的最佳pH范围(计算考虑离子对穿透有机相的生理条件模拟)

需要注意:

  • 需ACD/Percepta安装LogD模块授权
  • 单次最多处理100个结构(超过时仅计算前100条可见记录)
  • 强制使用Classic LogP和pKa算法(忽略Expert Panel中的模型设置)

待续!

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