如何从化学结构预测质谱碎片？MS Fragmenter 功能全景解析

整理自凯美科公众号碎片预测

MS Fragmenter 可帮助您在几秒钟内预测质谱碎片：对化合物质谱解析更有信心，可以更加深入地了解碎裂机制，并轻松发表解析结果。使用起来非常简单——绘制化合物结构，选择电离模式极性和碎裂参数选项，查看其碎片树。

产品优势

使用 MS Fragmenter 可以做到三件事：

• 预测 MS 碎片类型：绘制结构并查看其完整的碎片树，选择电离模式和反应类型；
• 确认您的化合物：确信您的谱图确实对应目标化合物结构——选择一个实验谱图，软件将预测的碎裂片段与谱峰逐一比较；
• 快速生成可用于发表的质谱碎裂路径：只需单击几下即可生成碎片裂解途径，并可编辑结果报告模板以满足个性化需求。

工作原理：四步生成碎片树

MS Fragmenter 将碎片预测简化为四个步骤：

1. 输入您的化合物（使用绘图工具绘制、从词典中选择，或直接复制/粘贴）；
2. 选择碎裂模式和电离源选项；
3. 点击"Generate Fragments"生成碎片；
4. 生成报告。

产品功能详解

1. 基于文献规则的质谱碎片预测

根据文献中建立的断裂规则预测 MS 碎裂途径，支持最大 255 个非氢原子的分子，并对线性和环肽分子的碎裂提供支持。通过多种选项筛选符合实验条件的预测结果，筛选维度包括：

• 正离子或负离子模式；
• 常规反应（共振反应、成环和氢转移反应）；
• Distonic-ion 离子形成（氢转移、双键断裂、三键断裂、饱和环断裂）；
• 键断裂类型（无环、非芳香、C-杂芳香、C-杂环）；
• 氢重排、骨架重排、氧丢失和中性丢失。

此外，还可以查看预测所依据的规则，了解碎片背后的碎裂机制。

2. 与实验光谱比较

将预测的碎裂片段与实验谱图中的峰进行比较，并可将预测的片段归属给 Spectrus Processor 中的质谱谱峰，从而有依据地确认化合物身份。

3. 查看碎片树

预测结果以碎片树的形式呈现：

• 展开和折叠分支，既可查看所有路径，也可切换为简化视图；
• 可选择分别查看所有异构体和重排碎片结构，或将自由基和电离异构体压缩为一种代表性化合物；
• 查看所有碎片结构及其名义质量、单同位素质量和平均质量。

4. 报告

可创建显示特定碎片、碎片分支或整个碎裂途径的报告，提供 Branch、Scheme、Compact 与 Detailed 等多种报告模式，并支持自定义报告模板。

5. 多技术数据处理

基于统一平台处理多分析技术数据，覆盖质谱、色谱、核磁共振与光学技术：

• 质谱：解析质谱谱图，确认分子式，使用谱图检索光谱数据库进行去重；
• 色谱：平滑、基线校正、标峰、积分；
• 核磁共振：傅里叶变换、校正、标峰、积分、多重峰分析；
• 光学技术：校正基线、标峰、平滑。

日常处理工作流程可通过宏实现自动化。

为什么选择 MS Fragmenter？

化合物质谱断裂行为遵循文献中记录的原则（例如 McLafferty 重排、双键裂解等）。由于电离模式和碰撞诱导解离（CID/CAD）的细微差别，实际情况更为复杂。只要充分理解这些规则，科学家就可以预测化合物结构的质谱碎片。

理论上质谱碎片归属可以手工完成，但系统地收集全部实验谱图证据并逐一应用碎裂规则，更适合交给计算机算法。MS Fragmenter 可以帮助质谱分析人员、有机化学家以及其他使用质谱的工作人员理解碎裂途径、确认化合物身份。

本文整理自凯美科公众号文章，配图取自原文。原文中的二维码、联系方式与推广信息已按站内统一规范移除。