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从碎片预测到结构确认:一个化合物的质谱解析实操

MS Fragmenter 经由文献建立的质谱断裂规则预测化合物离子碎片,帮助科学家正确理解碎片裂解途径及碎片结构;同时支持正/负离子模式下不同离子源(CI、EI、APCI、ESI、FAB 等)的断裂方式预测,具有良好的预测精度。本文通过一个完整实例,演示从碎片预测到结构确认的全过程。

功能特性

  • 可同时提供正、负离子模式下不同离子源的化合物断裂方式预测;
  • 可显示关键的碎片裂解途径和离子结构;
  • 可创建多种碎片报告,包括 Branch、Scheme、Compact 和 Detailed 等模式;
  • 可预测原子数不超过 255 的化合物结构。

应用优势

  • 帮助您更好地理解化合物的碎片裂解途径;
  • 让您查看所有可能的离子碎片结构;
  • 为公开出版物提供碎片裂解途径报告;
  • 通过匹配预测的质谱碎片和实验质谱图,更快、更容易地进行结构鉴定和确认。

应用案例:化合物 A 的结构确认

本案例将通过化合物的预测质谱碎片与真实实验谱图比对来确认结构。假设已知化合物 A 的实验质谱图如下:

化合物 A 的实验质谱图:主要峰位于 m/z 57.00、213.00 与 270.00
化合物 A 的实验质谱图:仪器采集的主要 m/z 为 57.00、213.00、270.00 等

化合物 A 的结构式如下:

化合物 A 的结构式:双叔丁基取代的硫代氨基脲类衍生物
化合物 A 的结构式

第一步:预测可能的碎片

通过 MS Fragmenter 预测得到化合物 A 的可能碎片,如下图所示:

MS Fragmenter 碎片预测结果:左侧碎片树与候选离子列表,右侧各碎片的结构、分子式与质量信息
MS Fragmenter 预测得到的候选碎片:结构、分子式与质量信息

由化合物 A 的原始质谱图可知,仪器采集的 m/z 有 213.00、270.00、57.00 等,可以在碎片预测的质谱数据窗口中找到对应的 213.00、270.00 和 57.00,其余 m/z 均可通过这种方式逐一匹配。

碎片数据窗口:Table of Fragments 列出各碎片的结构、分子式与计算质荷比,与谱峰对应
碎片预测数据窗口:碎片结构、分子式与计算 m/z 同实验谱峰一一对应

第二步:信号归属(Auto Assignment)

搭配 Spectrus Processor 模块还可实现结构谱图的自动匹配,通过软件浏览化学结构、谱图及碎片表格的一一对应关系。

碎片树与碎片表格联动:选中节点即显示对应碎片结构、分子式与计算质量
信号归属:碎片树与碎片表格联动,逐层查看裂解途径与离子结构

第三步:裂解途径报告

通过 MS Fragmenter 可一键导出碎片裂解途径报告。Branch 报告模式如下:

Branch 报告模式:母体 M(m/z 270)经中性丢失生成 m/z 213 与 m/z 56 碎片的结构与途径
Branch 报告模式:M(m/z 270)丢失 C4H9 生成 m/z 213,进一步生成 m/z 56

Pathway 报告模式如下:

Pathway 报告模式:从母体化合物到各级碎片的完整裂解途径图
Pathway 报告模式:从母体化合物到各级碎片的完整裂解途径

报告模板可根据需要自行编辑,满足个性化排版要求,直接用于报告或出版物。

如需进一步了解产品详情、预约演示或获取方案与报价,欢迎通过联系我们与我们沟通;产品功能总览可参阅MS Fragmenter 产品页与《如何从化学结构预测质谱碎片?MS Fragmenter 功能全景解析》。

本文整理自凯美科公众号文章,配图取自原文。原文中的视频入口、二维码、联系方式与推广信息已按站内统一规范移除。