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NMR Predictor 原理及应用:两种核心算法与六个实战示例

NMR谱图预测HOSE Code神经网络NMR Predictors

导读:核磁谱图预测的本质,是用算法把「分子结构」翻译成「可观测的谱图」,再与实验谱比对以确认结构。NMR Predictor 以 HOSE Code 与神经网络(Neural Network)两种算法为核心,并支持增量法(Incremental),依托庞大的内置训练数据库,可在数秒内完成预测,还能用自有实验数据持续训练。本文先讲清算法与数据库,再以六个示例说明其日常应用价值。

NMR Predictor 算法

NMR Predictor 提供两类核心算法,适用场景各有侧重:

  • HOSE Code(Hierarchical Organization of Spherical Environments,球状环境层级描述)算法:依赖后台数据库,预测中心原子的化学位移时,会在数据库中寻找化学环境相似(如三个键长范围内的相似片段)的结构,以这些已知结构的化学位移为基础外推新结构的中心原子位移。预测结果较为准确,但对运算规模有一定限制。
  • 神经网络(Neural Network)算法:是一个封装好的模型,基于数千个描述原子化学结构的特征进行预测。运算速度快,在处理大量结构的批量预测时更受青睐。
  • 增量法(Incremental):作为一种补充算法,与 HOSE、神经网络共同构成软件的多算法体系,用户可按化合物类型灵活选择。

经验性建议:单个结构预测优先使用 HOSE Code 算法(精度更高);大量结构批量预测推荐使用 Neural Network 算法(速度更快)。

HOSE Code 算法示意:在数据库中寻找三键长相似片段
图1. HOSE Code 算法示意:软件在后台数据库中寻找与中心原子三键长范围内相似的片段,据此外推化学位移

NMR Predictor 后台数据库

庞大且经过严格验证的内置训练数据库,是保证预测准确性的基础。HOSE Code 算法还可以用 in-house(自有)数据补充训练,进一步提高对特定化合物类型的预测精度。软件所访问的数据库积累了 26 年来的预测数据,包含:

  • 超过 250 万个 1H 化学位移;
  • 超过 350 万个 13C 化学位移;
  • 超过 35 万个 1H 和 13C 结构;
  • 超过 7 万个包含 15N、19F 和/或 31P 的化学结构,以及相关化学位移数据 11.5 万个以上。
NMR Predictor 后台训练数据库示意
图2. NMR Predictor 庞大的内置训练数据库(*数据库单独出售)

应用示例

示例 1 如何快速区分同分异构体

化学家发现一个紫罗兰酮的甲氧基化合物衍生物,四个 –OH 位点均可形成甲氧基化,因而有四种可能产物。思路是:采集目标物的碳谱,用 NMR Predictor 预测四个可能产物的碳谱,再与实验碳谱比对。

紫罗兰酮衍生甲氧基化合物实验谱与四个可能结构预测谱对比
图3. 紫罗兰酮衍生甲氧基化合物:实验谱与四个可能结构的预测谱对比。第三个结构的预测谱与实验谱基本接近,其余三个差异明显,据此快速确认第三个为正确结构

示例 2 快速确认结构,找到复杂谱图上指定片段的相应位置

某合成化合物含有较多 CH₂ 片段,且氢谱化学位移彼此接近,高场区氢的辨认可能存在困难。在 Predictor 中预测该化合物的氢谱(预测谱已带归属结果),再与实验谱比对,即可参考预测归属解析实际谱图。

化合物预测谱与实验谱比对,2,6号位CH2在预测谱上的位置
图4. 预测谱(带归属)与实验谱比对:2、6 号位 CH₂ 在预测谱上显示四个谱峰,实验谱相应位置也能找到对应峰。这是酰胺键平均化共轭体系造成的磁不等价——尽管结构上对称,实际磁环境并不等价,四个峰是正确的

示例 3 快速确认合成反应同分异构体正确结构

一个典型 Suzuki 反应中,起始物料存在两个 Br,有两个反应位点,可能生成两个产物 A、B。两者虽可用二维谱区分,但二维实验耗时长、需解析。能否从氢谱化学位移上快速区分?氢谱采集约 5 分钟,而二维实验以小时计。

A、B两结构的预测谱与实验谱对比
图5. A、B 两结构的预测谱与实验谱对比:A 结构的预测谱更接近实验谱,据此确认 A 为实验产物结构

示例 4 起始原料快速检查确认

反应原料结构虽简单,读懂其谱图仍可能有困难。用 Predictor 预测谱与实验谱比对,可帮助合成化学家快速、准确地确认原料结构正确与否。

原料级别化合物预测谱与实验谱对比
图6. 原料级化合物预测谱与实验谱对比:谱峰位置一一对应,结构无误

示例 5 复杂化合物快速确认

高通量实验室每天合成大量化合物,递交时需基本确认结构正确。对每个化合物都做二维实验确证不现实。可考虑用氢谱快速确认——预测氢谱与实验氢谱谱峰位置基本符合理论位置,即可基本确认结构。

注意:软件在预测谱图时不预测氘代试剂的谱峰。

示例 6 含 F 化合物快速确认

含 F、P 的化合物谱图通常较常规化合物复杂:F、P 与相邻氢和碳的耦合会使谱峰分裂。ACD Predictor 可很好地预测含 F、P 化合物谱图,降低解析难度。

含三氟甲基化合物预测谱与实验谱
图7. 含三氟甲基化合物:8 号位和 2 号位碳被三氟甲基的 F 耦合裂分为四重峰,实验谱相应位置可见同样的两组峰(8 号位耦合常数较大,2 号位较小)

凯美科提示:凯美科为医药、化工、食品等领域用户提供 ACD/Labs 全线产品的方案咨询、演示与技术服务。如希望就您实际样品体验 NMR Predictors 的预测与结构确认能力,欢迎联系我们安排数据演示。

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