01 背景:困扰研发多年的"文档数据问题"
辉瑞 PharmSci 小分子转型技术组系统架构师 Bo Du 在报告开场便指出了当前的现实挑战——"文档数据问题"(Dark Data Problem):公司内部分布着多个分散的系统,数据可能存储在服务器、笔记本电脑、网络共享、纸质文档,甚至仅存在于员工的脑海中。要定位所需数据,必须找对负责人或存储位置,否则只能依靠多方询问、反复尝试,过程繁琐低效。
The Dark Data Problem:数据散落在各类系统、设备与个人存储中
2020 年之前,PharmSci 的数据管理处于"分散式"状态:数据采集来自实验室仪器、生产设备、PCMM 及其他系统;公司内部各类信息学系统(电子实验记录本、实验室信息管理系统、移动设备与其他 IT 系统)各自为政;此外还有预测工具与数据复用场景。这些环节基本是分裂的,需要依赖具备领域知识的专家手动跨边界迁移数据才能使其可用。
2020 年前 PharmSci 数据的分散状态:采集、使用、预测、复用四个环节各自孤立
02 数字化演进战略:以科学数据云为核心
大约在 2018 年底至 2019 年间,PharmSci 开始构思数字化演进战略框架,目标是建立一套简化的流程,通过可信的数据赋能员工,并为数字技术、机器学习、人工智能、机器人及自动化等奠定坚实基础。
PharmSci 小分子数字化演进战略框架:智能开发建立在数据与流程基座之上
至 2020 年,整体架构围绕数据采集、使用、复用与预测四大领域展开,并以科学数据云为核心、引入自动化流程进行整合:数据采集后自动传输至云端并集成至各信息学系统,实现系统间数据共享;建模团队可通过相应工具将数据推送至云端;在数据复用层面,依托云端数据支撑可视化分析与基于云平台的决策工作。
2020 年目标架构:以科学数据云为中心,打通采集、使用、复用与预测
03 Spectrus 平台:集成化的"数字图书馆"
辉瑞致力于构建一个集成化的"数字图书馆",Spectrus 平台正是这一愿景中的核心组成部分。该平台为供应商中立的软件系统,支持多种仪器数据格式,并可将其转换为开放数据格式。
各实验室实验完成后,数据将自动采集并传入云端 Spectrus 数据库,元数据、化学物质信息与原始数据同步导入;数据一经入库即完成集中化与标准化处理,形成可随时随地按需访问的数字化情境分析数据。通过统一的数据平台,用户能够查阅他人实验记录,实现跨实验室、跨站点的数据访问与复用。许多科学家使用 Spectrus Processor 中的 Workbook 模块处理来自各类 CDS 工作站的质谱、核磁及其他各类数据;Luminata 为项目负责人与分析科学家提供 CMC 决策支持;Katalyst D2D 则处于试点阶段(架构图中以虚线标示)。
Spectrus 平台分析数据管理架构:实验室数据自动汇入云端,支撑处理、决策与高通量实验
04 与 ACD/Labs 的合作历程:四个阶段
自 2019 年下半年启动合作至今,双方的合作按时间线分阶段推进:
分析数据管理时间线:从 Empower 色谱数据起步,逐步扩展至 NMR/MS、PXRD、Luminata 与高通量实验
4.1 第一阶段:Empower 数据集中迁移
双方首次合作聚焦一个核心问题:能否将所有 Empower 数据集中迁移至 Waters 系统以外的平台?其背景在于原有 Waters Empower 系统版本陈旧、效率较低,科研人员跨站点、跨项目查询信息极为不便。
自 2019 年底起,用户在实验室完成 Empower 操作并处理数据后,云端部署的 ACD 自动化服务器自动从 Empower 中提取数据,调用辉瑞内部结构数据库关联化合物结构信息,并整合其他关键元数据至对应记录。数据进入云端 Spectrus DB 后,即可支持多站点用户进行可视化展示与后续处理;同时同步导出至第三方平台(AWS Redshift),为人工智能与机器学习应用提供结构化数据基础。
借助这一工作流,ACD 软件提供了高效的结构与子结构检索工具,团队可基于 Redshift 或 Spectrus DB 开展数据趋势分析(如系统适用性研究),管理层与项目负责人还可建立监控仪表板,实时掌握各色谱数据系统的使用情况。
Spectrus DB 中的结构与子结构检索:跨站点、跨部门统一查询 LC 数据与元数据
在引入该工作流前,数据检索需跨多区域(如英国、美国)分别进行;如今,统一的数据检索功能显著提升了分析工作的效率与便捷性。
4.2 第二阶段:结构解析工作流的自动化
在原有工作模式中,用户通过 SharePoint 提交系统发起实验请求,领域专家(SME)完成核磁及质谱检测后经电子邮件返回结果,请求方再借助仪器原厂软件或第三方工具分析,数据在多个团队间层层传递。由于数据来源多样、仪器品牌各异(如 Thermo、Bruker 等),往往需要不同软件处理,无法统一结构检索,数据共享效率低下,且无法避免结构重复分析。
依托 ACD/Labs 支持,辉瑞建立了全新的自动化结构解析工作流:用户在本地安装的 Workbook 客户端中直接处理并可视化数据,原始数据上传至科学数据云存储区,处理结果推送至云端 Spectrus DB Enterprise 数据库;质量优秀的数据可标记为"黄金样本",并升级为训练数据集供未来参考与比对。
该工作流显著提升了数据的全局可访问性与使用效率:用户不再依赖多套供应商软件即可查看数据,项目跟踪更加便捷,流程自动化保障了操作一致性并大幅缩短结果交付周期。所有核磁与质谱数据,也为 Luminata 等上层应用提供了关键的数据基础。
4.3 第三阶段:整合粉末 X 射线衍射(PXRD)数据
第三阶段与药物产品部门合作,实现 PXRD 扫描数据的自动化采集与集成。粉末 X 射线衍射仪完成扫描后,自动化服务器将数据自动导入 Spectrus DB 平台。此前,药物产品开发(DPD)部门检索或比对全球范围的 PXRD 数据需面对数据分散、来源不一的问题;如今可通过批号、化学结构、子结构及其他自定义元数据字段高效检索。部分用户进一步提出融合 DSC、TGA 等其他固态分析手段,构建统一的固态参考数据库。
药物产品开发仪表板:同一化合物的 PXRD、DSC、TGA 数据集中展示与叠加对比
这一集成化方案显著提升了数据共享的便捷性与安全性:科研人员无需再依赖邮件附件或权限松散的临时网络路径传递数据,数据可实现安全、并行的多用户访问,系统自动建立与电子实验记录本的关联,并支持外部单位协同、历史遗留数据导入与模拟谱图整合。
4.4 第四阶段:构建 Luminata 数据管理平台
随着各项基础模块陆续就位,团队于 2023 年底启动了 Luminata 的构建——期望其发挥"数字图书馆"的核心作用,通过一站式数据服务提升决策效率与科学性。
Luminata 数字图书馆:汇聚色谱、结构解析、表征、光谱、溶出与辅料等多源数据
目前,Luminata 在辉瑞内部已成为项目负责人的重要工具:左侧按项目划分并对应相关化合物,子类别涵盖原料药、制剂产品、稳定性研究或合成路线等;中间区域展示工艺流程图,点击任一合成步骤可列出该步骤产生的副产物或杂质条目,进一步点击即可查看其完整的分析数据与支撑材料。结构解析工作流中积累的核磁数据,为 Luminata 提供了关键的数据基础。记录体系建成后,即可为批次追踪、杂质控制、稳定性研究、强制降解实验与化合物谱系分析等场景提供统一、便捷的访问入口。
Luminata 支持工艺开发、杂质追踪、强制降解与辅料研究;手动转录每张谱图需 2–5 分钟,熟练用户借助 Luminata 可在 20–30 分钟内处理 30–60 个谱图数据集
实际案例一(强制降解研究):在 Luminata 的强制降解工作流中,左侧列表为待研究化合物清单,点击可展开子类别;针对原料药和不同制剂产品开展降解研究,并在制剂项目下区分光照、热、湿热等强降条件,右侧的降解项目图以层次结构展示各化合物的研究进展与状态。
Luminata 中的强制降解工作流:项目地图以"红绿灯"标识已完成、进行中或待开始
实际案例二(工艺优化高通量筛选):化学研究部门将 Luminata 用于工艺优化的高通量筛选。以往科研人员需在电子表格中手动整理样品信息,获得 LCMS 数据后再借助不同软件分析,最终人工筛选优化条件,整个过程耗时数小时甚至数天。如今数据经 ACD 自动化服务器自动处理后直接汇入 Spectrus DB,科学家可按需重处理数据,最终一键操作即可由系统自动完成数据整合、汇总与最优条件筛选,并导出符合下游需求的报告表格。
05 现阶段:高通量实验与 Katalyst D2D 试点
双方合作的最新阶段正探索将平台应用于高通量实验(HTE)场景,目标是全面提升实验设计、执行与数据分析环节的效率:以往用户需借助不同软件进行计算,数据标准不一,甚至需多次人工复核;如今 Katalyst 不仅保障了数据质量的一致性,还提供了友好的用户界面,显著降低新用户的学习门槛、缩短培训周期。
在 Katalyst 的实验设计页面中,用户可在左侧进行反应物料的整合配置,在中间区域完成反应路径设计,每一步的反应设置实时在下方表格中生成物料汇总信息;进入审阅与再处理界面后,平台支持 96 孔板实验的数据管理,点击任一孔位即可查看对应的分析结果与可视化图谱。该试点项目预计于 2026 年第一季度获得阶段性结论。
Katalyst D2D 中的反应数据审阅与再处理:96 孔板数据管理与分析结果可视化
06 合作成果总结与未来展望
回顾过去六到七年,双方的合作始于"将 Empower 数据集中管理并提供结构与子结构检索功能"这一明确目标;随着合作深入,平台陆续接入更多数据类型,集成化工作流已显著加速数据重用与分析进程,并为机器学习与人工智能应用奠定基础。
辉瑞科学数据云与 Spectrus DB 构成的集中化平台,极大便利了跨规模、跨部门的数据共享。科研人员可通过多种筛选条件与元数据维度轻松访问信息,其中结构与子结构检索功能尤为关键。下一步已规划的重点方向包括:
- 实现所有 CDS(色谱数据系统)数据的统一接入与管理;
- 为药物产品开发团队构建集成固态分析数据库,涵盖 DSC、TGA、流变分析与固态核磁等多种技术;
- 推出基于 Web 的客户端,使用户无需安装本地软件即可共享与访问数据。
凯美科提示:辉瑞案例中涉及的 Spectrus 平台数据管理理念,同样适用于国内药企与 CRO/CDMO 的分析数据集中管理场景——从色谱、NMR/MS 到 PXRD、DSC/TGA 等多源数据的集中、标准化与检索复用。如您在分析数据管理、CMC 决策支持或高通量实验数字化方向有建设需求,欢迎与我们联系,了解软件产品方案与技术合作。
参考资料
- 报告来源:Bo Du(辉瑞 PharmSci 小分子转型技术组系统架构师),ACD/Labs 制药研发数字化研讨会报告《Digitalizing Scientific Data Management at Pfizer PharmSci》。
- 关键技术:科学数据云与 Spectrus DB Enterprise;Spectrus Processor Workbook;Luminata CMC 决策支持;Katalyst D2D 高通量实验管理。
- 本文由凯美科整理,原文发布于微信公众号「凯美科」(2026-01-06)。